凡例

　　一本經為三墳之書後增入名醫别録有朱字墨字之分總言藥之主治從未有發其所以然者兹疏直接神聖立言之旨故總題之曰神農本草經疏
　　一藥物治療本經别録業已備悉間有未盡者參之以各名家主治故小字附列於經文之下或即於疏内敘述俾採用易稽
　　一藥類一千二百餘種品類浩繁今簡治療之必不可缺暨近地所產得於覩記者備為具疏餘非必用之藥及罕識難致者存而不論
　　一種類隨土異形甚且稱名未覈矧近來市肆飾偽似真若令誤服遺害非淺故詳辨種類以正其訛
　　一畏忌制使物性自然非可以意求者俱照本經列之條下至其製用之宜古法具在兹復採入俾得遵守
　　一證類本草所載諸方俱録入主治參互有未當於用者已為删去其外諸書所録良方甚多必詳紀述以便採取
　　一簡誤以防誤用之失故有證同而藥不宜同者每條後詳書其害至於性淳功良有益無損一藥止堪治一病者悉不復著
　　一目録次序悉從證類本草有部分混襍如木部之藿香菜部之假蘇今為移正
　　一本文悉遵證類善本但是書流傳已久字畫謬訛頗多兹逐條參訂有一二意義難通者稍為釐正如傷作瘍動作痛之類
　　一證類本草第三十卷俱載有名未用之藥今有常用之物而本經未載有拾遺載之而未詳者兹列為三十卷補遺
　　一本文頂行立欵其附入之條有正文者仍從頂行原係附入者低字加圈以别正文
　　一續序例下卷俱係病藥忌宜今總列應忌諸藥於前以見必不可輕用
　　先生殫一生精力發千古神聖之奥以利萬世門人李季虬氏幾經參録悉以付新安吳康虞氏刻之金陵未竟而遺焉流傳於知交者西吳朱氏集而刻之不及其半然且序次弗倫考覈未審也先生以醫為司命一字有訛遺禍無極遂命澄先檢其存稿若干卷按部選類彚得全帙細復檢閱以為定本凡續序例二卷藥四百九十味用識年月書此凡例云峕天啟五年歲在乙丑六月十有一日松陵通家子顧澄先謹識